Hijo de Carlos Mouriño Atanes, empresario español presidente del Real Club Celta de Vigo y Ángeles Terrazo, mexicana hija de padres originarios de la localidad de Avión, Orense, Juan Camilo Mouriño nació en Madrid, por lo que contó a su nacimiento con las nacionalidades española y mexicana, al cumplir 18 años de edad eligió la nacionalidad mexicana.
Mouriño ocupó por primera vez un cargo de elección popular en 1997 al ser elegido diputado del Congreso de
Campeche representando al V Distrito Electoral local. Formó parte de la LVIII Legislatura del Congreso de la
Unión de México como diputado federal plurinominal de 2000 a 2003.
En ese año presentó su candidatura a la presidencia municipal de Campeche, pero fue derrotado por el candidato priista Fernando Ortega Bernés. Tras de su derrota fue designado asesor del entonces Secretario de Energía de
México , Felipe Calderón Hinojosa.
En 2004 Calderón designó a Mouriño como Subsecretario de Electricidad.Cuando aquel anunció en 2005 su decisión de competir por la presidencia de México, ambos renunciaron a sus respectivos cargos. El 16 de enero de 2008, Secretario de Gobernación en sustitución de Francisco Ramírez Acuña.
