Nació en 1506 en el castillo de Javier en Navarra, cerca de Pamplona, España. A los dieciocho años fue a estudiar a la Universidad de París, en el colegio de Santa Bárbara, donde en 1528 obtuvo el grado de licenciado.
Dios estaba preparando grandes cosas, por lo que dispuso que Francisco Javier tuviese como compañero de la pensión a Pedro Favre, que sería como él, jesuita y luego beato, también providencialmente conoció a un extraño estudiante llamado Ignacio de Loyola, ya bastante mayor que sus compañeros.
Al principio Francisco rehusó la influencia de Ignacio, el cual le repetía la frase de Jesucristo: "¿De qué le sirve a un hombre ganar el mundo entero, si se pierde a sí mismo?".
Este pensamiento al principio le parecía fastidioso y contrario a sus aspiraciones, pero poco a poco fue cediendo su orgullo y vanidad.
Por fin, San Ignacio logró que Francisco se apartara un tiempo para hacer un retiro especial que el mismo Ignacio había desarrollado, basado en su propia lucha por la santidad.
Se trata de los "Ejercicios Espirituales". Francisco fue guiado por Ignacio en aquellos días de profundo combate espiritual, y quedó profundamente transformado por la gracia de Dios. Comprendió las palabras de Ignacio: "Un corazón tan grande y un alma tan noble no pueden contentarse con los efímeros honores terrenos. Tu ambición debe ser la gloria que dura eternamente".
