Nació en Diest, pequeña villa de Flandes, Belgica, el 13 de marzo de 1599.
Su padre Juan, curtidor de pieles, y su madre Isabel, eran buenos cristianos. Tuvieron cinco hijos, de los que tres se consagraron al Señor. Murió pronto la madre, y al final el padre se ordenó sacerdote.
Nuestro santo fue el ángel del hogar, fiel ayudante de su madre. Inició sus estudios en el Seminario de Malinas, luego entro en el Noviciado de los jesuitas de la misma ciudad. Mas tarde pasó a Roma. En el Seminario y en el Noviciado se distinguió por su candor, estudio y piedad.
Su devoción a la Virgen era proverbial. Sentía hacia ella un cariño tierno, profundo, confiado y filial.
Pululaban por entonces los errores de Bayo, catedrático de Escritura en Lovaina, quien afirmaba que María habla sido concebida en pecado.
En el ultimo año de su vida Juan se había comprometido, firmando con su propia sangre, a "afirmar y defender dondequiera que se encontrase el dogma de la Inmaculada Concepción de la Virgen María".
Los santos han practicado en grado heroico todas las virtudes. Pero suelen distinguirse en alguna de ellas. ¿Cual es la virtud característica de Berchmans? El deseaba practicarlas todas por igual. Su obsesión, su locura de santo, era la fidelidad en observar perfectamente sus obligaciones, sin excusas ni escapismos. "La virtud mas eminente, es hacer sencillamente, lo que tenemos que hacer", decia Pemán en El Divino Impaciente.
Aparentemente no había hecho nada, nada llamativo. Pero vivió "apasionado por la gloria de Dios". "Quiere trabajar sin perder la más pequeña parte de su tiempo". Aprovecha las cruces de la vida diaria: "Mi mayor penitencia, la vida común". "Quiero ser santo sin espera alguna".
Hacía cada cosa en su momento, y sobrenaturalizando la intención. Cuando hay que orar, decía, ora con todo amor. Cuando hay que estudiar, estudia con toda ilusión. Cuando hay que practicar deporte, practícalo con todo entusiasmo. Y siempre con más amor, en cada instante del programa diario, bajo la dulce mirada maternal de la Virgen María. Estudiaba con la mirada puesta en el futuro apostolado, en las almas que se le encomendarían.
Mi mayor consuelo, decía al morir joven, es no haber quebrantado nunca, en mi vida religiosa, regla alguna ni orden de mis superiores, a sabiendas, y advertidamente, y el no haber cometido nunca un pecado venial. Alto y recio mensaje. Es patrono de los que se preparan para el sacerdocio. Murió el 13 de agosto de 1621. Sus ultimas palabras fueron: Jesús, María.
